Bu kutu, yalnızca Yüksek Nokta otomatik özelliğinde kullanılabilir.
Tolerans kutusu, esasında, verili bir alan içerisindeki yüksek nokta aramasını ne zaman durduracağını PC-DMIS’e söyleyen bir referans değeri tanımlamanıza olanak sunar. Tolerans değeri daima artış değerinden daha az olmalıdır. Arama işlemi süresince, PC-DMIS, sağlanan Tolerans değerinden küçük ya da ona eşit oluncaya dek artış değerini düşürür ki bu da geçerli çalışma düzlemindeki en yüksek noktanın yerleştirilmiş olduğunu gösterir.