Bu giriş, yinelemeli hizalama oluştururken PC-DMIS'nin gerçekleştirebileceği maksimum tekrar sayısını belirler. Bu seçenek yalnızca Her Zaman Tümünü Ölç iletişim kutusu seçeneği ile kullanılır.
Giriş Adı: IterAlignMaxIterations
Giriş Türü: Tekrar sayısını belirten tam sayı. Varsayılan değer 99 dir.